Kapel di SMAK St.Hendrikus terletak di lantai dua. Penggunaan kapel selain untuk kegiatan kerohanian sekolah juga digunakan untuk misa hari minggu pk 08.00 oleh umat paroki Santa Maria Tak Bercela. Kapasitas ruangan kapel dapat mencapai 500 orang yang dilengkapi dengan AC, sound system dan lift untuk akses dari lantai 1 ke 2.
