SMAK St.Hendrikus sebagai sekolah yang berkualitas, dinamis, dan responsif memiliki salah satu program unggulan yang bernama STEP (Student and Teacher Empowerment Program). STEP merupakan kegiatan intrakurikuler yang menitik beratkan pada pengembangan potensi siswa berdasarkan minat dan kegemarannya terhadap bidang tertentu. Kegiatan belajar mengajar di kelas STEP dilaksanakan secara kreatif dan interaktif. Siswa diberi keleluasaan mengkonstruksi pengetahuannya, menemukan penyelesaian masalah dan pada akhirnya diharapkan dapat menciptakan sesuatu sebagai sebuah solusi dari permasalahan. Terdapat 16 kelas STEP yang dapat dipilih siswa berdasarkan minat dan kemampuannya. Siswa diberi kesempatan mengikuti placement test sebelum mengikuti kelas STEP tertentu agar pilihan kelasnya benar-benar sesuai minat yang ingin dikembangkan.
